Windows 8/8.1のシャットダウンは初期設定のままだと完全にシャットダウンされている状態ではありません。カーネルをディスクイメージにしておき次回高速に起動できるようにする休止状態の一つになります。
Windows 10の場合はこちらを見てください。
Windows 10を完全シャットダウンさせる
ハードウェアの変更や動作が不安定で完全にシャットダウンしてから起動したい場合、「完全なシャットダウン」を行う方法を示します。もちろん普段は必要ありません。完全なシャットダウン方法にはいくつかの方法がありますが、ここではそのうちの一つをご紹介します。
これでPCが完全にシャットダウンされます。
また、上記4でSHIFTキーを押しながら再起動を選択すると下記のような画面が出てきます。ここで、「PCの電源を切る」をクリックしてもシャットダウンできます。